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Après la chute de l’Empire romain, les idées évolutionnistes continuèrent à être exposées par les savants et philosophes musulmans au Moyen Âge durant l’âge d’or de la civilisation islamique, alors que les théories anciennes de l’évolution et de la sélection naturelle étaient largement enseignés dans écoles islamiques. Le savant, historien et philosophe John William Draper a parlé au XIXe siècle de la théorie mahométane de l’évolution la comparant avec le darwinisme.

Le premier naturaliste et philosophe musulman à développer une théorie de l’évolution fut le zoologiste Al-Jahiz(776-868) au IXe siècle. Dans son Livre des Animaux, il dresse une anthologie animalière où est évoquée une évolution articulée selon trois mécanismes principaux: la lutte pour l’existence, la transformation d’espèces vivantes et l’influence de l’environnement naturel. Il marque ainsi l’unité de la nature et les rapports entre divers groupes d’êtres vivants.

A sa suite, pendant le Xe siècle, plusieurs penseurs musulmans reprennent ses idées sur l’évolution des êtres vivants, comme Ali ibn Abbas al-Majusi ou Nasir ad-Din at-Tusi. Selon Sigrid Hunke (1913-1999), Ali ibn Abbas al-Majusi (?-982 ou 994) a expliqué l’origine des espèces par la voie de la sélection naturelle dix siècles avant Darwin. Cette pensée naturaliste décrivant une évolution globale impliquant le minéral, le végétal et l’animal se retrouve entre autres chez le philosophe et historien iranien Ibn Miskawayh (932-1030)

Au Xe siècle, les Frères de la pureté (Ikhwan al-Safa ) décriventent dans une section de l’Épître des frères de la pureté la création des mondes et l’évolution par strates de la vie avec des détails qui auraient impressionné Darwin. On y trouve l’idée d’évolution à partir de la matière, laquelle se transforme en vapeur, puis en eau, en minéraux, en plantes, en animaux, en singes et enfin en hommes. Ainsi les groupes d’êtres parcourent dans l’engendrement de leurs formes définitives une évolution qui va du simple au complexe, passant par les quatre éléments (feu, terre, air, eau), les quatre natures (chaud, froid, sec, humide) et leurs combinaisons poursuivent encore la différenciation en règnes minéral, végétal et animal et précisent indéfiniment la spéciation du vivant.

L’épitre explique comment se déroule la manifestation par couches successives, ou stratifiées à partir du royaume minéral. Selon lui les entités minérales les plus développées vivent plus bas dans le royaume mnéral jusqu’à ses plus hautes strates pour se mélanger imperceptiblement dans la strate supérieur du règne végétal. Il explique aussi l’existance de contacts entre les règne animal et végétal, au plus haut niveau du règne végétal, dont le point culminant serait l’homme. Les plus évolués seraient les hommes placés dans les hautes sphères, debout entre les anges et les animaux, pour servir sur la terre comme lieutenant de Dieu.

On a suggéré que ces manuscrits pouvaient avoir influencé les scientifiques occidentaux intéressés par la transformation des espèces, notamment Darwin

Par la suite, Nasir ad-Din at-Tusi (1201-1274) suggère la sélection des meilleurs et l’adaptation des espèces pour l’évolution plusieurs siècles avant Charles Darwin. Il utilise pour expliquer les transfomrations des espèces, le mot takâmul, qui signifie en arabe « perfectionnement» . Selon Tusi, ce sont les transformations de l’environnement qui poussent les espèces à évoluer ; ainsi ce seraient les espèces dont les individus sont les plus diversifiées en formes qui s’adapteraient le mieux aux changements. Tusi écrira ainsi : « …l’équilibre (originel) a été endommagé, et les contrastes essentiels ont commencé à apparaître à l’intérieur de ce monde très tôt. Par conséquent, quelques substances ont commencé à se développer plus rapidement et à s’améliorer plus que les aurtres.»  et encore : « Les organismes qui peuvent gagner les nouveaux dispositifs plus rapidement sont plus variables. En conséquence, elles gagnent des avantages par rapport à d’autre créatures.» . Farid Alakbarov étudie en détail ce domaine dans son livre intitulé : Nasiraddin Tusinin takamul gorushlari.

Enfin, l’historien maghrébin Ibn Khaldoun (1338-1405) recourt aux notions d’ordre, de structure, de plan, de rapports entre les êtres et des permutations réciproques, de progrès graduel de la création et de continuum des êtres vivants. Il suggère également la transformation progressive et organisée du minéral vers le végétal, l’animal, le singe et finalement l’Homme. Il écrit ainsi que « le plan humain est atteint à partir du monde des singes (qirada) ».

Si ces écrits n’ont pas fait condamner leurs auteurs par les autorités islamiques, respectueuses du progrès et du savoir, ils n’ont eu cependant qu’une très faible popularité.

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